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重庆市知识产权局经历了21年的历史沿革。1984年开始成立市政府专利管理处,1991年更名为市政府专利管理局,2000年更名为市知识产权局,属处级事业单位,归口市科委管理。2003年升格为副局级事业单位,由市科委负责管理。市知识产权局内设办公室、法律事务处、专利管理处、规划发展处、保护协调处和重庆专利代办处,财政全额拨款事业编制42名,工作人员参照公务员管理。
重庆市知识产权局负责主管全市专利工作和统筹协调涉外知识产权事宜。主要职能职责:
(一)负责组织协调全市知识产权保护工作,推动知识产权保护工作体系建设。会同有关部门建立知识产权执法协作机制,开展相关行政执法工作。开展知识产权保护宣传工作。会同有关部门组织实施国家知识产权战略纲要和重庆市人民政府关于创建知识产权保护模范城市的意见。
(二)承担规范专利管理基本秩序责任。贯彻实施专利法律、法规和规章,组织起草有关专利工作的地方性法规规章、政策文件和管理制度。组织专利的法律、法规和政策的宣传普及工作,按规定组织制定有关知识产权的教育与培训规划。
(三)负责贯彻落实国家知识产权局涉外工作的方针、政策,统筹协调全市涉外知识产权事宜。
(四)负责全市专利执法工作,依法处理和调解侵犯专利的纠纷、案件,查处假冒他人专利行为和冒充专利行为。指导区县开展专利执法工作。
(五)制定全市专利工作发展规划和年度计划并负责组织实施;负责全市专利信息公共服务体系建设,会同有关部门推动专利信息的传播利用,承担全市专利统计工作。
(六)负责管理本市专利技术交易和专利许可合同登记备案等工作。管理专利实施资金,推动专利技术的实施和转让。会同有关部门指导和规范知识产权无形资产评估工作。联系指导全市机关团体、企事业单位的专利事务。指导和监督专利中介服务机构。负责专利广告出证和统计分析工作。
(七)受国家知识产权局委托,负责受理专利申请并处理有关事务。管理国家知识产权局专利局重庆专利代办处。
 (八)承办市人民政府和国家知识产权局交办的其它事项。